パンドラウイルス未知の遺伝子

2013年7月、エクス＝マルセイユ大学のジャン＝ミシェル・クラヴリとシャンタル・アベルジェルらは、新しい巨大ウイルスを『サイエンス』に報告した。チリ中部の河口の浅い堆積物から採れたパンドラウイルス・サリヌスと、メルボルン近郊の池の泥から採れたパンドラウイルス・ドゥルキスである。

どちらも、アメーバの一種アカントアメーバに試料を与えて増やした。粒子は長さ約1マイクロメートル、幅約0.5マイクロメートルの楕円形で、一端に孔がある。ふつうのウイルスは光の顕微鏡では見えないが、この粒子は見える。

発見したチームは、既知の遺伝子とほとんど似ていないことを重く見た。一方、別のチームは、ほかの巨大ウイルスと共通する少数の遺伝子で系統樹を描き、パンドラウイルスは既知のウイルスの仲間の中に収まると反論した。

最初の数字は、コンピューターによる遺伝子の予測にもとづいていた。パンドラウイルスのゲノムはGとCの文字が多く、ただの配列が遺伝子に見えやすい。2018年、チームは実際に読まれているRNAと、粒子に含まれるタンパク質を測って予測を絞り直した。サリヌスの遺伝子は2541個から1430個に減った。

それでも謎は消えなかった。6株を比べると、共通する遺伝子のまとまりは約455しかなく、株が一つ増えるたびに新しい遺伝子が50個以上加わると見積もられた。予測されたタンパク質の平均70％は働きが分からず、その株にしかない遺伝子では約95％に達した。

株にしかない遺伝子は、ほかの生物に似た配列がないだけでなく、統計的な性質が遺伝子と遺伝子のあいだの「すきま」の配列に近かった。チームはここから、すきまの配列から新しい遺伝子が生まれている可能性を示した。遺伝子の重複や、ほかの生物からの取り込みだけでは説明しきれないという。